El equipo jugó por primera vez el 8 de octubre de 1988 en el entonces Estadio Vicente Guerrero (ahora Polideportivo Chilpancingo). Su dueño original fue Almaquio Nava. La franquicia pertenecía al equipo de Acapulco; posteriormente la donó al Gobierno del estado y éste, a su vez, la concedió al municipio de Chilpancingo asumiendo el nombre “Club Deportivo Chilpancingo”.

El primer director técnico registrado con NUI (Número Único de Identidad) fue Felipe de Jesús Bello Calvo.

Con base en la información disponible en la página oficial de la Federación Mexicana de Futbol (Femexfut), sus primeros registros datan desde el año de 2002.

En 2011, llegaron a liguilla por primera vez, pero fueron eliminados rápidamente por Ballenas Galeana. Su mejor participación en liguillas fue la del 2012-2013, en donde se quedaron en octavos, eliminados por Pachuca.

En la temporada 2021-22 se quedaron cerca de ascender a la Liga Premier Serie A cuando fueron vencidos por Deportiva Venados en la final de zona, pero lograron el ascenso a la Liga Premier Serie B al derrotar en penales al Real Ánimas de Sayula.

Su debut en la Liga Premier Serie B fue el 27 de agosto de 2022 con un empate ante Pioneros de Cancún y a la jornada siguiente lograron su primer triunfo al derrotar en casa 3-2 al Zitácuaro.