Fundado el 12 de marzo de 2020, Colima Fútbol Club surge ante la necesidad de generar las condiciones de desarrollo de talento deportivo en el estado, guiados por la experiencia y conocimientos de una directiva y cuerpo técnico con amplio recorrido en el futbol profesional en México.
Sergio Bueno Rodríguez, presidente fundador de Colima FC, arrancó este proyecto futbolístico que tomó como mote el de "Caimanes", en un año complicado para el mundo entero, al enfrentarse una pandemia nunca antes vista, como la de Covid-19.
Después de una intensa preparación, con la dupla de entrenadores René Isidoro García y Alberto “Amaury” Padilla, con una plantilla de jugadores que salió de una extensa visoria en distintas ciudades de la región, Caimanes de Colima FC debutó oficialmente en primera jornada de la Liga Premier FMF el 19 de septiembre de 2020, en duelo disputado en el Estadio Olímpico Universitario, ante Gavilanes FC Matamoros, con victoria de 2-0, con goles de Jorge Almaguer y Jair Madrid.
Jorge Almaguer logró el primer gol oficial en la historia de Caimanes, con un tiro libre que conectó al ángulo, al minuto 8 del segundo tiempo de este partido.
Por la pandemia, la primera temporada de la Liga Premier se jugó casi completamente sin público en las gradas. El primer duelo oficial en el Estadio Olímpico Universitario en el que se permitió afición se jugó el domingo 11 de abril, a las 7 de la tarde, ante Leones Negros de la Universidad de Guadalajara, por la Jornada 22 de esta temporada, partido que ganó el cuadro colimense por marcador de 3-2. El primer gol en el Olímpico Universitario ante afición, fue al minuto 7 de tiempo corrido de este encuentro, cuando precisamente el número 7 de los locales, Fernando Cruz, anotó de pierna izquierda un disparo después de un regate dentro del área.
En esta primera temporada, en la que compitió por un lugar en la liguilla en el Grupo 1 de la Liga Premier, Caimanes terminó la temporada regular 2020-2021 como séptimo de la tabla de cociente, con un promedio de 2.09%, producto de 46 puntos en 22 partidos disputados en el Grupo 1.
Calificados a la liguilla, Caimanes disputó los cuartos de final enfrentando a Inter Playa del Carmen. Colima FC Caimanes empató 2-2 ante Inter en la ida de los Cuartos de Final, el 17 de abril de 2021, siendo local en el Estadio Olímpico. El primer gol en liguilla lo anotó Jair Madrid, al minuto 32 del primer tiempo, con un remate de cabeza en tiro de esquina.
Tras empate a un gol en la Unidad Deportiva “Mario Villanueva”, el 23 de abril del presente, Caimanes de Colima FC culminó su participación en la primera temporada de su historia en la Liga Premier FMF, con marcador global de empate 3-3 en los Cuartos de Final ante Inter Playa del Carmen, equipo que por goles de visitante logró su calificación a las Semifinales de la Temporada 2020-2021.